Toisen karsinnan jokaisen lohkon kaksi parasta (1. ja 2. sijoittuneet) pelaavat tulevalla kaudella SM-sarjassa, kaksi seuraavaksi parasta (3. ja 4. sijoittuneet) pelaavat valtakunnallisessa I divisioonassa. Lohkon viimeinen (5. sijoittunut) voi pelata valtakunnallisessa II divisioonassa tai alueen sarjoissa.
A-poikien II karsintakierros 26.-27.9.2009
Karsintalohkon 1. on turnausjärjestäjä ja 2. varajärjestäjä.
Lohko F | Lohko G | Lohko H | |||
| 1. | HNMKY | 1. | KoriKouvot | 1. | Korikobrat |
| 2. | Vilpas | 2. | HoNsU | 2. | Honka A2 |
| 3. | Pyrintö 2 | 3. | RaPy | 3. | Tarmo |
| 4. | PuHu | 4. | Honka Akatemia | 4. | WB |
| 5. | Pyrintö 1 | 5. | Salama-Karhu | 5. | JKS 1 |
Lohko I | Lohko J | ||||
| 1. | Ura Basket | 1. | LrNMKY | ||
| 2. | KTP | 2. | BC Nokia | ||
| 3. | ToPo | 3. | EBT | ||
| 4. | MaSu | 3. | JKS 2 | ||
| 5. | Namika Lahti | 4. | Kataja |